Sở Giao dịch Chứng khoán Hà Nội (Sở GDCK Hà Nội) được thành lập theo Quyết định số 01/2009/QĐ-TTg của Thủ tướng Chính phủ trên cơ sở chuyển đổi, tổ chức lại Trung tâm Giao dịch chứng khoán Hà Nội (thành lập theo Quyết định số 127/1998/QĐ-TTg và khai trương hoạt động vào ngày 08/03/2005). Ngày 24/06/2009, Sở GDCK Hà Nội chính thức ra mắt, hoạt động với mô hình Công ty TNHH một thành viên do Nhà nước (đại diện là Bộ Tài chính) làm chủ sở hữu.
Với chức năng là đơn vị chịu trách nhiệm tổ chức, vận hành và quản lý thị trường giao dịch chứng khoán, Sở GDCK Hà Nội đã có những đóng góp quan trọng vào sự phát triển chung của thị trường chứng khoán Việt nam, phục vụ mục tiêu phát triển kinh tế của đất nước. Sở GDCK Hà nội đã triển khai tích cực, hiệu quả hoạt động đấu giá cổ phần, hoạt động đấu thầu trái phiếu Chính phủ và vận hành các thị trường giao dịch (thị trường cổ phiếu niêm yết, thị trường cổ phiếu công ty đại chúng chưa niêm yết (UPCoM), thị trường trái phiếu chính phủ (TPCP) và thị trường chứng khoán phái sinh).
14/07/2005: Khai trương, vận hành hệ thống giao dịch chứng khoán niêm yết với phương thức giao dịch duy nhất là giao dịch thỏa thuận, lệnh giao dịch của nhà đầu tư được nhập vào hệ thống của Trung tâm GDCK Hà Nội thông qua các đại diện giao dịch của các công ty chứng khoán tại sàn.
02/11/2005: Áp dụng bổ sung phương thức giao dịch khớp lệnh liên tục (báo giá trung tâm) trên thị trường cổ phiếu, song song với phương thức giao dịch thoả thuận, nhằm tạo thuận lợi cho nhà đầu tư trong giao dịch và tăng tính thanh khoản cho thị trường.
24/09/2009: Khai trương hệ thống giao dịch trái phiếu Chính phủ chuyên biệt, tách biệt hệ thống giao dịch trái phiếu Chính phủ ra khỏi hệ thống giao dịch cổ phiếu, đáp ứng các yêu cầu đặc thù của giao dịch trái phiếu Chính phủ, phù hợp với định hướng phát triển của TTCK Việt Nam và các thông lệ quốc tế.
29/11/2010: Triển khai công nghệ giao dịch trực tuyến trên thị trường UPCoM, tương tự như đã áp dụng cho thị trường cổ phiếu niêm yết.
08/05/2012: Triển khai hệ thống quản lý thông tin công ty (CIMS) đối với các tổ chức niêm yết, theo đó các tổ chức niêm yết tự truy cập qua đường truyền internet để chuyển các báo cáo và thông tin công bố đến HNX thay vì gửi bản cứng như trước kia, giúp doanh nghiệp niêm yết chuẩn hoá dữ liệu thông tin cần công bố, rút ngắn thời gian và giảm thiểu sai sót. Ngược lại, doanh nghiệp niêm yết cũng nhanh chóng nhận được phản hồi từ HNX.
06/08/2012: Áp dụng hệ thống đấu thầu trái phiếu điện tử, cho phép thành viên đấu thầu có thể nhập phiếu dự thầu từ xa, sửa/hủy phiếu thầu theo diễn biến của thị trường, nhận kết quả đấu thầu trực tuyến tức thời, giúp rút ngắn thời gian xét thầu, xác định kết quả đấu thầu và kết nối cơ quan quản lý, tổ chức phát hành, tổ chức thị trường với toàn thể thành viên đấu thầu trái phiếu Chính phủ.
24/08/2012: Khai trương hệ thống giao dịch tín phiếu Kho bạc, lần đầu tiên sau hơn 17 năm phát hành, tín phiếu Kho bạc được đưa vào giao dịch trên thị trường, góp phần tạo tính thanh khoản cho tín phiếu, đồng thời thể hiện sự kết nối công cụ ngắn hạn và dài hạn của trái phiếu Chính phủ.
29/07/2013: Chính thức vận hành hệ thống giao dịch cổ phiếu phiên bản 5 (Core I5), đánh dấu sự phát triển về công nghệ và khả năng làm chủ hệ thống công nghệ của Sở GDCK Hà Nội. Với cơ chế khớp lệnh trên bộ nhớ đệm đã gia tăng năng lực xử lý của hệ thống: tốc độ xử lý lệnh trong cùng một thời điểm có thể đạt 15.000 - 20.000 lệnh/giây, năng lực của hệ thống có thể đạt mức 20 - 30 triệu lệnh/phiên. Hệ thống có nhiều tính năng mở, cho phép người sử dụng có thể thiết lập các dạng kết cấu phiên giao dịch khác nhau với nhiều hình thức khác nhau, không những không hạn chế số lượng chứng khoán niêm yết, đăng ký giao dịch mà còn cho phép quản lý các chứng khoán theo nhiều bảng, nhiều thị trường tùy theo nhu cầu quản lý của Sở.
16/08/2013: Tôn vinh 30 doanh nghiệp niêm yết minh bạch nhất trên Sở GDCK Hà Nội. Đây là lần đầu tiên chương trình đánh giá chất lượng quản trị công ty đối với doanh nghiệp niêm yết được Sở GDCK Hà Nội tổ chức với mong muốn thúc đẩy nâng cao nhận thức của doanh nghiệp niêm yết về công bố thông tin và minh bạch, đảm bảo cung cấp thông tin một cách đầy đủ kịp thời cho tất cả các cổ đông. Qua đó cũng nâng cao nhận thức cho nhà đầu tư về các quyền của cổ đông đối với doanh nghiệp, hướng tới lợi ích lâu dài của công ty và đóng góp nhiều hơn cho nền kinh tế và cho xã hội.
29/12/2014: Chứng chỉ quỹ hoán đổi danh mục (ETF) đầu tiên, chứng chỉ quỹ ETF của Công ty TNHH Quản lý Quỹ SSI với mã chứng khoán E1SSHN30, chính thức được niêm yết trên HNX, đáp ứng nhu cầu đa dạng của nhà đầu tư và giúp khơi thông nguồn vốn trên thị trường chứng khoán.
24/10/2016: Chính thức vận hành chỉ số chung của TTCK Việt Nam - VNX Allshare, đại diện cho hơn 95% giá trị vốn hóa và 97% giá trị giao dịch cổ phiếu niêm yết trên TTCK Việt Nam. Đây là nỗ lực của 2 Sở GDCK cũng như của UBCK trong việc minh bạch hóa, tạo niềm tin đối với các nhà đầu tư, hướng đến mục tiêu tăng trưởng bền vững của TTCK Việt Nam. Trong kỳ đầu tiên, VNX Allshare có 388 cổ phiếu trong đó 180 cổ phiếu từ HNX.
25/10/2017: Doanh nghiệp đầu tiên thực hiện gắn đấu giá cổ phần hóa doanh nghiệp Nhà nước với đăng ký giao dịch trên thị trường UPCoM theo Thông tư 115/2016/TT-BTC. Đó là Công ty TNHH MTV Nước giải khát Sanest Khánh Hòa, đấu giá cổ phần tại Sở GDCK TP Hồ Chí Minh ngày 12/9/2017 và đã đưa cổ phiếu lên giao dịch trên UPCoM chỉ trong vòng hơn 1 tháng, ngay cả khi công ty chưa hoàn tất quá trình chuyển đổi thành công ty cổ phần.
05/11/2018: Triển khai phiên khớp lệnh sau giờ (từ 14h45 - 15h00, áp dụng một loại lệnh duy nhất là lệnh PLO) nhằm gia tăng tính thanh khoản cho thị trường, đồng thời gia tăng cơ hội giao dịch cho nhà đầu tư tại thời điểm cuối ngày giao dịch.
04/07/2019: Khai trương sản phẩm hợp đồng tương lai trái phiếu Chính phủ kỳ hạn 5 năm, góp phần hoàn thiện cơ cấu sản phẩm cho TTCK phái sinh, hỗ trợ sự phát triển bền vững của thị trường trái phiếu Chính phủ Việt Nam. Sản phẩm hợp đồng tương lai trái phiếu Chính phủ phù hợp với thông lệ quốc tế, giúp nhà đầu tư trên thị trường trái phiếu, đặc biệt là nhà đầu tư tổ chức, có thêm công cụ phòng ngừa rủi ro.
13/07/2021: Tổ chức thành công phiên đấu thầu mua lại trái phiếu Chính phủ có kỳ hạn của Kho bạc Nhà nước. Đây là lần đầu tiên Kho bạc Nhà nước trở thành nhà đầu tư trên thị trường công cụ nợ, có thể mua lại trái phiếu Chính phủ trên thị trường thứ cấp do chính tổ chức này phát hành. Nghiệp vụ mua lại trái phiếu Chính phủ của Kho bạc Nhà nước góp phần hoàn thiện thị trường trái phiếu Chính phủ với các nghiệp vụ mới, gia tăng tính cạnh tranh trên thị trường, thúc đẩy các giao dịch, hỗ trợ thanh khoản cho các thành viên thị trường và giúp tăng cường quản lý hiệu quả hơn cho ngân sách Nhà nước.
06/08/2021: Sở GDCK Hà Nội chuyển đổi mô hình hoạt động theo Quyết định số 37/2020/QĐ-TTg ngày 23/12/2020 của Thủ tướng Chính phủ và quyết định số 01/QĐ-HĐTV ngày 30/6/2021 của SGDCK Việt Nam về việc thành lập Sở GDCK Hà Nội là công ty con của SGDCK Việt Nam. Ngày 06/8/2021, SGDCK Hà Nội đã được Sở Kế hoạch và Đầu tư TP Hà Nội cấp Giấy chứng nhận đăng ký doanh nghiệp thay đổi lần thứ 4, với nội dung thay đổi vốn điều lệ và chủ sở hữu; không thay đổi ngành nghề kinh doanh, mã số thuế, địa chỉ trụ sở chính,... và kế thừa các quyền và nghĩa vụ hợp pháp của Sở GDCK Hà Nội sau khi chuyển đổi hoạt động sang mô hình mới theo chủ trương của Chính phủ.
27/10/2021: Phối hợp Kho bạc Nhà nước áp dụng bổ sung phương thức đấu thầu đa giá trong đấu thầu trái phiếu Chính phủ nhằm tăng thêm hiệu quả trong hoạt động huy động vốn cho ngân sách Nhà nước, góp phần hạ lãi suất đấu thầu.